南京站是南京地鐵1號線和南京地鐵3號線的換乘車站，位于南京火車站站房地下。南京站1號線車站為地下二層島式站臺，車站設(shè)在地下一層，地下二層為站臺層，設(shè)有5個出入口，分別通向和燕路、南京站及龍蟠路。南京站3號線車站為地下四層平行雙島式站臺，未來將與南京地鐵9號線同臺換乘，深達近40米，相當(dāng)于9層樓，是江蘇最深、中國第三深的車站。

建筑結(jié)構(gòu)編輯南京站1號線車站為地下二層島式車站，總建筑面積為12930平方米，車站總長度為282.86米，總寬度為24米，車站頂板覆土平均厚度為1.8米，車站底板平均埋深約為14.99米。南京站3號線車站為地下四層平行雙島車站，未來兩條地鐵線將在這里實現(xiàn)同站臺換乘，3號線軌道在中間，9號線在兩側(cè)。車站總建筑面積為47280平方米，車站主體底板埋深最深處約29米，從負(fù)一層到負(fù)四層分別是站廳層、商業(yè)層、換乘層、站臺層。這是南京地鐵最深的一個站，深達近40米，相當(dāng)于9層樓的高度，也是江蘇最深、全國第三深的車站。[2]

換乘方式編輯3號線換乘1號線：乘坐3號線的乘客下車后，通過電扶梯上樓至站廳，通過站廳中部的換乘通道，至1號線南京站的北站廳，再下樓至1號線南京站的站臺乘車。1號線換乘3號線：乘坐1號線的乘客下車后，前往站臺北端電扶梯上樓至北站廳，通過北站廳的換乘通道至3號線南京站的站廳，再下樓至3號線南京站的站臺乘車。[3]

地鐵1號線南京站“美德車站”是繼珠江路糖果車站、新街口和諧車站、南京南站博愛車站、鼓樓清風(fēng)車站后第五個主題車站。“美德車站”于2014年年6月籌建，11月建成，位于地鐵南京站的北站廳及出入通道，包含主題墻、核心柱、楷模館、美德格言、傳承美德、踐行美德六大板塊，運用動態(tài)靜態(tài)展示，一起來聽南京故事，感受核心價值觀，讓更多人了解最美南京人。在地鐵南京站的北站廳及出入通道可以看到，在車站的墻壁上、玻璃上、立柱等地方到處體現(xiàn)著“美德”的主題。此外在北站廳主通道區(qū)域，有一面長14.5米、高1.8米的巨幅云錦，這幅耗時100天、100人織造完成的巨幅云錦，其內(nèi)容是明代畫家仇英的長卷繪畫作品《南都繁會圖》。《南都繁會圖》生動地描繪了明永樂年間南京秦淮河兩岸的盛況，反映了明代南京的城市社會經(jīng)濟和社會生活的繁榮景象，體現(xiàn)了一種勤勞樸實的美德。此外該幅巨型云錦不僅有古代南京風(fēng)貌，同時也織造了新金陵48景，不乏夫子廟、長江大橋、紫峰大廈等景物，既能體現(xiàn)古代的繁華，也能體現(xiàn)現(xiàn)在南京繁榮昌盛的景象。云錦一般是織龍或鳳很少織繪畫作品，為此制作者特地到現(xiàn)場進行觀摩，這幅云錦描繪了109間不同的店鋪和不同的招牌，當(dāng)中還有1000多個形態(tài)各異的人物。